1869—1909年，查尔斯·威廉·艾略特（Charles William Eliot）担任校长，从根本上使哈佛蜕变为现代美国的研究型大学。查尔斯·艾略特在任校长期间，将课程中固有的基督文化成分删去，让学生能自愿及选择性地去学习相关的宗教文化；他使法学院、医学院获得了新的活力，并且新建了商业管理学院、牙医学院、文理学院，注册学生从1000人上升到3000人，教学人员从49名增加到278名，学校基金从2300万美元增加到2.25亿美元。Eliot的改革措施包括选修课程，小班授课，以及入学考试，此一“哈佛模式”影响了美国国家的高等和中等教育政策。此外，Eliot还负责出版了著名的“哈佛经典”，从多个学科收集“伟大的书”。在1926年逝世后，他的名字已和“哈佛”共同成为美国高等教育的同义词。
